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C'est un tueur en série, qui apparaît pour la première fois dans la saison 1, épisode 7 L'Ombre d'un doute. Il était dans le couloir de la mort et devait être exécuté dans les deux jours, mais son avocate a fait appel. Booth est chargé de mener une enquête pour tenter de le disculper.

Avec l'aide de Brennan ils ont découvert de nouveaux éléments de preuve, ce qui a permis de retarder l'exécution, le temps de les examiner. Il s'est avéré qu'il est coupable des crimes qui lui sont reprochés. Son mode opératoire : il matraque à mort des adolescentes blondes.

En prison, il a commencé une relation avec une femme nommée Caroline Epps, et l'épouse avant sa deuxième apparition dans l'épisode Tuer n'est pas jouer. Lors de cette enquête Booth et Brennan sont confrontés au complice d'Epps, que Brennan est obligée de tuer pour protéger Booth et une victime. Epps déclare avoir tout préparé dans le but de faire en sorte que Bones tue quelqu'un.

Pour sa dernière apparition dans la saison 2 dans l'épisode Fin de partie, il met en scène son propre suicide en incendiant sa cellule et en tuant un garde, et ainsi il s'échappe déguisé en pompier. Il veut se venger de Bones et la mène dans un jeu de piste macabre au long duquel il décapite sa femme, et place une toxine dans son crâne qui empoisonne Camille en plein milieu de l'autopsie. Zack découvre le corps de Caroline piégé et manque de mourir dans l'explosion, il est protégé par Booth.

Howard Epps est finalement retrouvé dans l'appartement de Bones, il se jette du balcon, est rattrapé par Booth, mais sa main glisse et Epps fait une chute mortelle. Cette mort hantera quelque temps Booth, qui s'interroge sur sa responsabilité dans la mort d'Epps.